Archivos binarios:
De imagen: .jpg, .gif, .tiff, .bmp (Portable bitmap), .wmf (Windows Meta File), .png (Portable Network Graphics), .pcx (Paintbrush); entre muchos otros
•De video: .mpg, .mov, .avi, .gif •Comprimidos o empaquetados: .zip, .Z, .gz, .tar, .lhz •Ejecutables o compilados: .exe, .com, .cgi, .o, .a •Procesadores de palabras: .doc
Archivos ascii
•Archivos fuente: .f, .c, .p
•Formatos de texto: .tex, .txt, .html •Formatos de intercambio: .rtf, .ps, .uu
Dentro de los archivos ASCII de uso común por los programas de bioinformática están los siguientes:
• De secuencias: .seq • De secuencias múltiples: .aln, .msf (Multiple Sequence Format, secuencias alineadas), .rsf (Rich Sequence Format, estos archivos pueden incluir una o más secuencias relacionadas o no).
Los archivos también se pueden separar por grupos como son:
Nomenclatura: Todos los formatos de archivo o extensiones están escritos en mayúscula en la columna de la izquierda. A su derecha y en la misma línea todos ellos poseen una explicación adjunta o bien los programas recomendados para su uso. Todas las extensiones más importantes y que requieren una explicación más completa están marcados con un asterisco (*) y ampliadas en la parte final de su categoría correspondiente.
Listado:Aquí tenemos la lista completa de tipos de archivos ordenados, tal y como se indicó anteriormente.
Sistema: Estos son los archivos necesarios para el funcionamiento interno del Sistema Operativo así como de los diferentes programas que trabajan en él. No esta recomendado moverlos, editarlos o variarlos de ningún modo porque pueden afectar al buen funcionamiento del sistema.
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